咽麻痹的临床症状可见发育不良，有开放性鼻音以及吞咽困难，单侧的麻痹常无明显症状，双侧麻痹症状比较明显，软腭麻痹造成鼻咽不能闭合，所以患者说话会呈现开放性的鼻音，无法做吹哨或者鼓气动作。
当进食流质食物会逆流入鼻腔，咽肌麻痹在病变初期进食流质食物会有困难，而吃固体类食物无阻挡，但随病情逐渐发展，会造成食物停留在咽喉部，所以有误吸入呼吸道的危险。
两侧麻痹会造成软腭松弛下垂无法上抬，如果同时出现咽肌麻痹可在梨状窝中见到唾液或滞留的食物。