患有鼻窦炎的患者，在治疗期间通常需要根据造成鼻窦炎的菌群种类，选用相对应的抗生素类型的药物。
针对葡萄球菌或肺炎球菌所引发的鼻窦炎，可选择口服头孢或青霉素等抗生素的药物。对于存在有厌氧菌等感染的鼻窦炎，可以口服甲硝唑或替硝唑等抗生素类药物，除了服用上述药物以外，还可以配合使用盐酸羟甲唑啉等鼻用减充血剂类药物，来进行鼻窦炎症状的缓解治疗。
但需要注意，服用的药物并不能确保鼻窦炎的病情痊愈。对于严重的鼻窦炎，可能在服用药物后仍然症状缓解不明显，可能就需要手术治疗。