新生儿肝功能异常的主要原因各种病毒、细菌、支原体感染。
由于小儿肝脏的出血量和血流量比成人相对的要多一些，含氧量和对氧的需求量高。各种病原菌感染时病原和毒素对肝脏的损害也比较明显，容易出现肝功能异常。因为在婴儿期肝脏的结缔组织发育的比较差，也容易出现肝硬化。各种感染或者药物毒素等因素可以引起肝细胞混浊肿胀、脂肪变性、坏死或者纤维增生，从而出现肝功能的异常。
大多数感染出现的肝功能异常，可以通过保肝以及治疗原发疾病，肝功能得到恢复正常状态。