新生儿甲状腺功能低下是能够达到临床治愈的，通过给予左甲状腺激素替代治疗，使新生儿的甲状腺激素与正常孩子一样，就能够达到临床治愈。
发生新生儿甲状腺功能低下，主要是由于甲状腺先天性发育不全，或者是在甲状腺激素的合成途径中某些酶的缺陷，也有可能是由于下丘脑、垂体发育缺陷，导致促甲状腺激素释放激素的减少，发生垂体性甲状腺功能减退症。也有可能跟孕妇在怀孕期间甲状腺功能低下，以及桥本式甲状腺炎都有一定的关系。
新生儿只要确诊是甲状腺功能低下，就需要用左甲状腺激素替代治疗，需要终身替代治疗。一般是在出生时查足跟血，检查甲状腺激素的水平，如果发现甲减开始替代治疗，家长要注意定期检查甲状腺激素的水平，以便调整用药。