重症肌无力发病的原因，一种是特别少见的先天遗传，另一种是绝大多数患者的发病原因，是机体的自身免疫功能紊乱而诱发的重症肌无力发作。
与重症肌无力有关系的疾病，如患者有胸腺的异常，如胸腺瘤，可以引起重症肌无力；还有一些风湿免疫方面的疾病，如干燥综合征、类风湿性关节、系统性红斑狼疮等疾病，常常合并重症肌无力。
患者的机体免疫功能紊乱，同时受外界因素影响，也会诱发重症肌无力的发病，比如过度疲劳、精神紧张、压力大、环境、感染、用药等因素都有关系，具体的发病原因不是特别明确。