消化不良引起的腹泻可以吃蒙脱石散、消旋卡多曲等止泻药，以及乳酸菌素片、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等肠道益生菌制剂。如果腹泻比较轻，也可以不用药。
上述药物一般能缓解腹泻，腹泻好转后一定要注意调整饮食，避免吃刺激胃肠道的食物。饮食上以清淡、易消化为主。
如果本身患有慢性胰腺炎，分泌的胰酶不足，消化不了高蛋白、高脂肪的食物，建议最好少吃高蛋白、高脂肪含量的食物，否则还会出现腹泻。如果本身有乳糖不耐受，一定不要吃含乳糖的食物，比如纯牛奶。
此外，儿童胃肠道功能没有发育完全，容易出现消化不良导致的腹泻，家长一定要多加注意孩子的饮食。