重复肾和重复输尿管常会引起输尿管异位开口和输尿管囊肿等并发症。如果出现输尿管异位的开口，对于男性来说一般常位于前列腺尿道，精服等处，一般会出现泌尿系感染的临床症状，如尿频尿急、尿痛等。女性患者的输尿管异位开口多，多位于尿道，阴道和潜艇等处。多数患者除了有正常的分次排尿以外，又会有持续性的滴尿。
对于合并有输尿管囊肿的患者，大部分都存在由重复畸形的上半肾输尿管同时常有上半身的发育异常。输尿管囊肿开口可位于膀胱和尿道内，位于输尿管开口处，容易造成尿路梗阻，造成肾积水以及肾功能的损害。男性异位的输尿管囊肿位于后尿道时可表现为排尿困难、尿纤细。女性异位输尿管囊肿可出现尿道口肿物突出。