小儿营养不均衡时，会伴有各种营养不良的表现，最常见的为蛋白质营养不良，表现为消瘦、浮肿、贫血、免疫力低下。治疗主要包括原发病的治疗和对症治疗两个方面。
原发病治疗包括治疗慢性或迁延性腹泻、治疗消化系统畸形等疾病。对症治疗包括补锌治疗，补锌可以提高孩子的味觉，以增加食欲，补锌还能促进肠黏膜修复，提高肠黏膜吸收能力，补充维生素以及钙、铁等微量元素也很重要。
然后在药物治疗的同时，要调整孩子的饮食结构，以免营养不均衡的情况反复出现。