羊水胎粪吸入综合征的病因为胎儿缺氧可引起反射，排出胎粪。并出现真性呼吸，将胎粪角化细胞一起吸入，绸厚胎粪多量吸入可致完全性气道堵塞、肺不张。
急性窒息、缺氧，吸入的胎粪羊水或者吸毒入不多，则可导致部分阻塞引起节段性肺不张阻塞性肺气肿。如肺泡破裂可致间质气肿或者气胸。当前体沿血管壁和淋巴管扩散到纵膈，可引起纵膈气肿。胎粪羊水刺激呼吸道粘膜或继发感染，可导致肺炎。进入康复期后，吸入物被吸收或者是吞噬严重病例形成纤维化出现肺气肿等病变，出生时胎粪污染全身。新生儿呼吸受到严重抑制，出现心动过缓肌张力低及休克。