巧克力囊肿有点疼，有可能是由于巧克力囊肿发生了破裂，有的时候巧克力囊肿局部的破裂，只会出现一侧下腹部的隐痛。如果是巧克力囊肿出现了较大范围的破裂，囊内的陈旧性的血液流入到盆腔和腹腔，就会刺激盆腔腹膜，引起较为严重的疼痛。
所以患有子宫内膜异位囊肿，也就是巧克力囊肿的病人要定期复查。如果出现有腹痛的症状，是需要到医院进行检查的，可以通过超声检查看一下卵巢囊肿是不是较以前有所缩小。另外盆腔内是不是有一些盆腔积液，也就是囊内的液体流入到盆腹腔所造成的。
还有要看疼痛的症状，如果疼痛的症状逐渐地加重，有可能是囊肿破裂的范围较大，有时是需要进行手术治疗的。如果只是小范围的破裂，或者是局部的隐痛，可以通过一些药物进行止痛的治疗，或者采取激素类的药物进行治疗。