阵发性房颤会引起血栓的，特别是脑血栓，严重者会导致脑梗死。
当心房发生房颤时，心房中的血流动力学被改变，就会导致血栓的形成。房颤时左心房的血液无法正常进入左心室，发生血液的瘀滞，这也是血栓形成的原因之一。
这些血栓往往会附着在心脏内部的壁层上，所以叫做附壁血栓。一旦左心房形成附壁血栓，就有可能因为房颤而脱落，进入左心室，从左心室射入主动脉而分布到各个组织或者器官中去，包括冠状动脉、肾动脉、肠系膜上动脉，以及脑动脉都是较容易栓塞的动脉。