IgA肾病具有隐匿性发作，通常表现为无症状血尿，伴有或不伴有蛋白尿，经常在体检中被发现，IgA肾病患者10年肾存活率为80%左右，20年为65%左右，个体之间有很大差异，有些患者有良好的长期预后，但有些患者很快发展为肾衰竭。
疾病预后不良指标主要包括持续难以控制高血压和蛋白尿，特别是持续每日1克以上蛋白尿患者，以及肾功能损害和肾活检病理类型不良的患者，如肾小球硬化、间质纤维化和肾小管萎缩，或伴有大量新月体形成，这些情况通常表明预后不良，这些患者存活时间少于蛋白尿，病理类型良好的患者。