少女月经不调最根本的原因，是因为少女的性腺下丘脑-垂体-卵巢，还没有建立正常的功能。女性之所以能够月经正常，首先需要性腺各个环节的结构和功能都正常。如果是任何一个环节结构，或者功能存在缺陷，都会出现月经不正常的现象。
青春期的女性由于下丘脑-垂体-卵巢之间存在不协调性，也就是说其功能还没有完全成熟，不能够有效地控制卵巢排卵功能。由于卵巢的排卵功能没有完全建立，缺乏孕激素，就会出现月经不调的现象，表现为经期、周期不稳定，经量多少不定的现象。
如果持续存在这种情况，建议求助于正规妇产科医院进行规范诊治，避免阴道不规则出血，甚至是大出血发生，造成贫血等现象。