正常的喝碳酸饮料一般不会有明显的危害，但是如果长期过量的喝碳酸饮料的话，其中的高磷可能会改变人体的钙、磷比例，引起相关的疾病，比如骨质疏松、肥胖等。
临床研究发现，与不过量饮用碳酸饮料的人相比，过量饮用碳酸饮料的人骨折危险会增加大约3倍，而在体力活动剧烈的同时，再过量地饮用碳酸饮料，其骨折的危险也可能增加5倍。
专家们还认为碳酸饮料里的一种常见防腐剂，能够破坏人体DNA的一些重要区域，严重威胁人体健康，饮用过多会抑制人体内的有益菌，破坏消化系统的功能，也会增加心、肾负担等。