II型肾小管性酸中毒是因为肾小管近端功能出现了障碍，近端肾小管对碳酸钠的重吸收功能减退，导致高氯性酸中毒。近段肾小管对磷酸盐、葡萄糖、尿酸、氨基酸重吸收能力也下降。导致II型肾小管性酸中毒的病因如下：
1、遗传性疾病所致：碳酸酐酶缺乏、胱氨酸病、肝豆状核变性。
2、原发性：家庭性和散发性。
3、药物及毒物：长期应用碳酸酐酶抑制剂，汞、铜、铅、镉等中毒，注射精氨酸、赖氨酸等，长期应用过期四环素等。
4、其他疾病：多发性骨髓瘤、甲状旁腺功能亢进、维生素D过多、自身免疫性肝炎、干燥综合征等。