非IgA系膜增生性肾小球肾炎的治疗方法也是因人而异，要个体化的治疗，根据患者不同的临床表现和不同的病理类型来制定个体化的治疗方案。通常来说其总的治疗原则是要防止各种感染，祛除病因，尤其是对上呼吸道感染的患者要积极治疗。如果患者出现的肉眼血尿，与扁桃体感染有关系，可以在急性期感染控制以后进行扁桃体的摘除术。
另外要对患者的情况水肿、血压进行对症处理，比如如果有大量水肿，可以使用利尿剂，血压升高的可以使用控制降压的药物治疗。另外根据患者蛋白尿的多少，可以使用血管紧张素转换酶抑制剂或者血管紧张素受体拮抗剂。在进行降蛋白尿的治疗过程中，要严密的监测血压和肾功能的变化。当然如果患者表现的是肾病综合征，也要根据患者的肾脏病理改变的轻重，采取激素和免疫抑制剂治疗。激素使用的药物包括强的松和环磷酰胺或者强的松合并来氟米特、赛可平、他克莫司，这样可以起到减少蛋白尿，减轻肾脏病理改变的作用。当然也可以根据病情酌情使用抗血小板的药物，比如双嘧达莫。