由于核磁共振是磁场成像而不是x射线，没有放射性，所以对人体基本无害。核磁共振成像是目前公认的安全、精确、无创性的诊断手段，主要用于滑膜、血管和肌肉、筋膜的炎症、滑膜囊肿和透明软骨变性、剥脱及骨糜烂、破坏与缺血性坏死、颈椎和髓核变性、膝关节半月板和十字韧带损伤、类风湿的神经并发症及骨髓炎等的临床检查。
但六类人群不适宜进行核磁共振检查：安装心脏起搏器的人，有或疑有眼内金属异物的人，动脉瘤银夹结扎术的人，体内金属异物留存或金属假肢的人，有生命危险的危重病人，幽闭恐惧症患者等。不能把监护仪器、抢救器材等带进核磁共振检查室。另外怀孕不到三个月的孕妇，最好也不要做核磁共振检查。