患有肾多发性囊肿，如果多发性囊肿体积较小，同时没有引起患者出现明显的肾区疼痛和腰痛症状，是可以暂时不用治疗的，可以暂时观察。同时定期做肾脏彩超检查，明确囊肿病情是否有所加重。
假如发现多发性囊肿体积逐渐变大，则应当选择手术的方法将囊肿切除，切除后由于容易引起肾炎，所以需要服用抗炎类抗生素。
术后要严格控制高碘、盐类食物的摄入，因为这类食物容易诱发肾脏水肿，同时影响肾脏组织术后正常恢复。