如果咽喉部囊肿非常地小，没有影响患者的呼吸，也不影响患者吞咽，不导致患者出现临床明显的不适感。这种情况临床上观察就可以了，可以不需要治疗。
如果咽喉部囊肿比较大，影响患者的吞咽，影响患者的呼吸，甚至囊肿局部经常出现炎症反应，导致患者出现咽喉部的疼痛感，临床上可以考虑进行手术切除。目前大多数可以采取全麻支撑喉镜下，等离子咽喉部囊肿切除手术，这种手术能达到非常良好的效果。
囊肿是一种良性的病变，一般不会出现恶变。所以患者一旦有咽喉部囊肿，不必惊慌，定期上耳鼻喉科完善电子喉镜检查，临床上要根据囊肿的大小以及囊肿是否导致临床不适的症状，然后才考虑进行治疗处理。