直肠脱垂的原因有很多，大部分学者认为与先天不足、营养不良、长期腹压增加、气血虚弱有关系。
有些孩子先天发育不全，由于小儿骶骨弯曲度小，肛周的软组织得不到骶骨的支持，就容易发生直肠脱垂。通常不需要特殊治疗，随着孩子的逐渐长大，有自愈的可能性。
长期腹压增大也是引起直肠脱垂的一个原因，如经常提重物、背重物、长时间蹲着，导致腹部压力持续增高，容易引起直肠脱垂。
气血虚弱的人群，由于坐骨直肠间隙、尾骨间隙，局部的肌肉脂肪较少，比较薄弱，直肠没有得到有力的支撑，也容易发生直肠脱垂。