变异新冠病毒的治疗与变异新冠病毒特性有关。新冠病毒变异存在多种方向，其中既存在传染性减低、毒性减低的方向，也存在传染性增强、毒性增强的方向。
对于传染性减弱、毒性减低的变异新冠病毒，其治疗相对简单，利用原有的抗病毒药物大部分可治愈。对于传染性增强、毒性增强的变异种类，目前治疗依然以抗病毒治疗为主。
如果患者同时合并其他伴随症状，则需要根据其变异特性给予对症治疗。相对来讲，变异后毒性增强的种类出现重症感染的概率会增高。