肾囊肿疼痛明显时多数需行外科手术治疗。
肾囊肿出现疼痛时，多数是由于囊肿感染或囊肿体积较大。囊肿感染时可伴有发热、腰痛等症状，此时可应用敏感抗生素进行治疗。如感染控制后，疼痛消失，则可暂时给予保守治疗，定期复查，如症状持续较重，则需给予外科手术治疗。
肾囊肿体积过大时也需进行外科手术治疗，常用的手术方法有开放性肾囊肿去顶术、经皮肾囊肿穿刺硬化术和腹腔镜下肾囊肿去顶术。一般首选腹腔镜下囊肿去顶术，该方法具有创伤小、复发率低的优点。