真菌性角膜炎是有可能会复发的。真菌性角膜炎是一种病情相对严重，病情变化快，致盲性较高的角膜炎。
如果病情能够在早期得到有效地治疗和控制，感染性真菌被彻底消除，患者自身免疫力较好，全身基础状况无病变的情况下，真菌性角膜炎复发的概率相对较低。
部分真菌性角膜炎患者具有长时间激素或者抗生素用药史，自身的免疫力情况较弱或者长期患有糖尿病、风湿病等基础疾病以及眼部护理不当的情况，都可能会再次感染，导致真菌性角膜炎复发。