胎儿小头畸形输氨基酸没有用的，小头畸形并不是因为缺少氨基酸引起，也不是因为缺乏营养引起，这是一种发育性的异常。而通过药物治疗是没有什么用处的，并且在胎儿期间也没有什么治疗方法，这只能等着孩子出生以后才进行处理。小头畸形主要是因为颅骨的骨缝过早闭合引起，如果是比较严重的话需要到时候通过手术将闭合的骨缝切开，这样可以避免对于脑组织的压迫，避免影响脑的发育。切开骨缝以后颅骨可以继续的增长，从而能够缓解症状和减少后遗症。而其他没有什么有效的治疗方法。
除了上面这些以外，还要注意观察孩子的状况。如果已经有脑功能的受损，那需要通过用一些营养神经药物治疗。