近视眼激光手术的后遗症主要是有感染、干眼、视力回退等。在临床中，任何手术都存在一定的风险，近视激光矫正手术亦是如此。
首先，最重要的是选择专业的医疗机构，可以减少后遗症的发生。
其次，近视眼手术部位主要是角膜，因此术后不注意卫生，会引起角膜感染，甚至出现角膜炎，导致角膜浑浊的可能。眼睛还会有眼干，严重的会有异物感。部分患者术后因长期近距离疲劳用眼，导致眼睛轴度增长，再次出现近视的可能。
因此须行近视眼手术，术前一定要进行详细地检查。