1.对于小阴茎并发症主要是患者可能会长期对于自身生理状态认知不足，导致自卑心理以及对性别不认同可能会引起抑郁症或者焦虑症，以及部分患者在最后要求进行变性手术，这是其主要小阴茎引起的并发症。
2.同时患者小阴茎有可能是由于睾丸分泌雄性激素、睾酮不足，那么会导致精子功能质量低下以及在进行性生活时信心不足，导致心理原因产生勃起功能障碍，从而引起患者夫妻关系不和谐以及导致不孕不育，这都是小阴茎引起的并发症。