怀孕36天选择药流还是无痛人流，需要根据患者的情况来决定。
一般怀孕49天内可以行药流，70天内可以做无痛人流。如果此时做彩超在子宫腔内能够查看到孕囊，同时孕囊已经确定有卵黄囊的情况下，可以选择药流，也可以选择无痛人流。药流的前提是没有相关药物禁忌症，没有感染，同时确定是宫内妊娠。
但是，对于有药流禁忌症的人选择无痛人流比较安全一些，具体的方案还是要根据医生对病人的综合情况进行评估再做决定。但是，不管哪种方式都会对身体产生伤害，所以没有生育准备时一定要做好避孕措施。