真菌性角膜炎的治疗以局部眼药联合手术治疗为主，并不多见口服给药方式。
在病症早期，多以抗真菌性药物治疗为主，防止病情的扩散，例如多烯类、咪唑类眼药水，以那他霉素眼药水、两性霉素眼药水多见。若病情加重，出现角膜糜烂、苔藓样改变，则应给予手术，清楚病理产物、清洁创面，并结合使用抗真菌药物。必要时，还需联合使用多种抗菌性眼药水，逐渐渗透。
对于有虹膜睫状体炎并发症状，应注意眼压，防止粘连等；若病情深入内皮层，出现穿孔，可能需要角膜移植。