果酱样大便往往提示患者的小肠内有出血、坏死，最常见的就是小孩的肠套叠，大人的阿米巴痢疾。
当患者有阿米巴痢疾的时候，阿米巴原虫可以在肠道里去腐蚀肠道，使得肠管缺血坏死，坏死的组织会随着粪便排出，从而形成果酱一样的大便。
小孩肠套叠的时候，会引起肠管的坏死，引起绞榨性的肠梗阻。患儿往往哭闹，会有腹痛、果酱样大便，腹部有包块。
其他的一些疾病，像小肠内的一些肿瘤，也会引起肠管的出血坏死，这些坏死物质随着粪便排出，也会形成果酱样的大便。