消化道穿孔最常见的原因是消化性的溃疡，包括胃溃疡以及十二指肠的溃疡。
上述疾病如果不积极的治疗，有可能会导致溃疡加深穿孔，可以穿透胃部的肌肉层以及浆膜层。
有消化道肿瘤的患者也可能会出现消化道穿孔，消化道肿瘤患者出现消化道穿孔时，比胃溃疡十二指肠溃疡穿孔更为复杂，而且更难治疗，对患者的影响更大。
消化道穿孔以后，消化道内的胃酸、胆汁以及胰液会流入腹腔，产生化学反应引起腹膜炎，导致患者出现剧烈的腹痛，并且有反复发热等症状。