在通常情况下感染了尼帕病毒，是可以适当地服用抗生素。
适当的服用抗生素对于病毒的感染有一定的好处，尤其是严重的尼帕病毒感染者，除了抗病毒药物的应用以外，如果患者还同时合并了细菌的感染。例如，此时对于患者化验血常规的时候，如果患者的白细胞增高，C-反应蛋白增高，这时是可以吃抗生素进行治疗。
患者感染尼帕病毒以后，往往会合并有病毒性肺炎，而此时也有可能同时合并有细菌性的感染。出现细菌性感染的同时，可让患者先口服抗生素进行治疗。如果口服抗生素治疗效果不佳，也可以建立静脉通道，根据药物敏感试验的回报结果进行静脉输液。