三岁孩子总是眨眼睛的原因有模仿性行为、眼部疾病、面部抽动症。具体的原因如下：
1.模仿性行为。三岁孩子具有很强的模仿能力，可能模仿别人的行为习惯频繁眨眼睛，家长要给孩子进行教育指导。
2.眼部疾病，比如倒睫或者结膜炎。儿童倒睫多由于下眼睑赘皮，或者眼睑内翻导致睫毛向后方生长，刺激角膜和结膜。儿童结膜炎是因为病原微生物感染、过敏、风沙、日光灯刺激，导致结膜产生炎症。
3.面部抽动。孩子如果存在心理障碍，可能导致眨眼、面部抽动，需行心理疏导。