对于淋球菌感染主要是同其他细菌导致的感染相鉴别，因为淋球菌属于一种特殊的细菌感染，主要是淋病奈瑟菌感染，导致淋球菌性尿道炎。因此需要与支原体感染，衣原体感染以及普通细菌感染和滴虫感染相鉴别。
上述所有的微生物感染都会引起患者典型的尿路刺激症状，尿频、尿急、尿痛，因此，实验室检查是其主要的鉴别方法，通过实验室检查，必要时进行尿常规、尿培养以及通过聚合酶链式反应，也就是pcr反应可以检查出是衣原体还是支原体或者是毛滴虫以及普通细菌或者淋病奈瑟菌感染，根据不同的细菌感染或者微生物感染类型，选择不同的有效的抗生素进行对症治疗。