治疗肠道功能紊乱的药物有很多，主要是根据患者的个人临床表现以及疾病原因选择用药治疗。
临床当中可以选用的有促进胃肠蠕动的药物有西沙比利、莫沙必利、多潘立酮，也可以选择益生菌类的药物，包括双歧杆菌、枯草杆菌、二联活菌等。
假如患者有出现呕吐以及疼痛时，有可能需要阿托品、维生素B6以及异丙嗪等药物。部分患者可能是因为精神紧张，并且植物神经功能紊乱，引起肠道功能紊乱时，也可以口服安定、氯丙嗪、苯巴比妥以及谷维素等药物缓解。