卵巢囊肿手术有卵巢囊肿的剥除术、卵巢囊肿及卵巢、输卵管全部切除术，也就是常说的病灶全切术。卵巢囊肿手术可以经开腹下完成，也就是在肚子上取一切口，这是传统的手术方式。
还有就是多孔腹腔镜下或单孔腹腔镜下完成卵巢囊肿的手术，经腹腔镜下完成的手术，就是目前的微创手术。不管是开腹或微创都可以行卵巢囊肿的手术，所以微创跟全切术是两个不能比较的方式。
卵巢囊肿的全切术是指切除患有卵巢囊肿侧的囊肿及其附近的所有组织，一般是对年龄偏大，近绝经或绝经后的女性就行患侧卵巢、输卵管包块全部切除，可以避免术后囊肿复发。但对于有生育要求的女性，一般只行囊肿的剥除术，尽可能保留正常卵巢组织。目前，不管行囊肿剥除术还是全切术，都是在微创下可以完成，盆腔粘连、不适宜腹腔镜下的情况除外。