诊断第三脑室底肿瘤要做的检查，主要是一些头部的影像学检查，常用的有头部的CT检查、头部的CT增强扫描、头部的核磁共振检查以及核磁共振增强扫描，有些还需要做磁共振波谱分析。
通过这些检查，一般的来讲能明确肿瘤的大小、肿瘤的生长部位、肿瘤的性质以及肿瘤和周边血管神经的关系是否合并有脑积水或者有没有发生肿瘤复发。
有些患者需要做手术的情况下，还需要完善心电图、胸部的CT、腹部B超、心脏彩超、血常规、血生化、出凝血时间等等相关的检查。