非淋菌性尿道炎经过规范、积极的治疗一般不会留下后遗症的。
非淋菌性尿道炎通常与不洁的性交有关系，常见于沙眼支原体、解脲支原体感染所引起。可选择强力霉素、四环素、红霉素等药物规范按疗程治疗，一般不会引起后遗症。但是非淋菌性尿道炎会有一定的危害，会使患者出现尿频、尿急、排尿疼痛，还有可能伴有少量的黏性分泌物。
男性患者还也有可能会诱发附睾炎、前列腺炎、精囊炎等，从而影响男性的精子质量，有可能会导致不育症。女性感染非淋球菌尿道炎后有可能逆行感染宫颈、输卵管，引起不孕症。