瞳孔残膜手术后会有后遗症，但不是每个人都会有后遗症，大部分人都没有，只是有个例患者会出现后遗症。
如果在手术中操作不当，有可能会导致晶状体以及角膜出现损伤，继而影响视力，有部分患者会出现白内障以及青光眼的情况发生。术后应补充足够的营养，避免免疫力低下导致感染，可能会出现全身的症状。
目前临床瞳孔残膜的手术相对成功率是比较高的，而且后遗症也是比较少的。手术后一定要注意对眼睛的保护，尽量减少眼部的用眼时间，不可以用脏手去触碰眼睛，避免眼部发生感染。要注意避免眼部疲劳，避免长时间观看电子产品和应用手机以及电脑等，用眼的频率要减低，让眼睛有适当的休息时间。