巧克力囊肿前期可以1个月复查1次，如果囊肿的质地和大小没有异常，半年之后可以3~6个月左右复查一次。
巧克力囊肿如果直径小于5cm，没有其他不适症状，可通过口服药物保守治疗，并且定期去医院复查，观察囊肿的大小有无改变。若发现囊肿出现变化，且逐渐生长，大小超过5cm或者出现不适症状，比如急性腹痛、性交痛、长期不孕等，需要及时手术治疗，可以选择经腹腔镜手术或者是开腹手术切除病灶，术后需要定期去医院复查。
如果女性患者没有生育需求，且年龄较大者可以进行根治性切除手术，避免再次复发。