新生儿流行性腹泻根据病情的轻重，临床表现也不一样。常见的消化道症状可有次数不等的腹泻，可有发热、呕吐、腹胀等表现。有的腹泻严重还会出现尿量减少、脱水的表现。
重症患者除了发热以外还会有嗜睡、四肢发凉、皮肤颜色的改变，查血电解质可能会出现酸中毒、电解质紊乱的情况。脱水酸中毒时表现并不是很典型，可以有精神反应的改变，口周紫绀、面色发灰、四肢发凉。
由于新生的免疫系统没有发育成熟，以及外界环境因素，容易感染多种细菌和病毒感染。常见的病原体以大肠杆菌、沙门氏菌、轮状病毒多见，多在新生儿时暴发流行。