宝宝因对乳制品过敏或奶瓶、水瓶等用具未进行彻底的清洁及消毒，而引起的过敏性腹泻或感染性腹泻时，因水样大便内带有大量的细菌，进入到肛隐窝从而引起肛腺感染。感染沿着肛腺管扩散至肛门周围组织及皮下，最终形成肛周脓肿。
宝宝的肛周脓肿一般症状较轻，而且生长发育的速度比较快，如果将腹泻治愈后再给予抗感染治疗，肛周脓肿一般会治愈。
少数的脓肿症状比较重，破溃后留有外口处反复流脓血样物，说明形成了肛瘘，需待宝宝生长发育进一步完善后，才可行手术治疗肛瘘。