孕酮低是否会流产，需依据具体情况而定。
女性在怀孕后体内会释放人绒毛膜促性腺激素、雌激素及孕激素等多种激素，以维持胚胎的生长发育，而其中孕酮的释放主要是通过脉冲式的释放。所以，如果检查发现孕酮低，需进一步结合血HCG、雌激素以及患者的一般状况、超声检查等综合评判胚胎的发育情况。
如果检查属于正常，建议给予加强黄体功能保胎对症治疗，并且动态随访。但如果其他检查结果同样有异，则出现自然流产的可能性存在。因此，不能仅仅因为孕酮低，认为会流产。建议在医生指导下完善其他的检查后，再给予对症处理。