中药水丸和密丸功效都是一样的，没有好坏之分。
水丸小容易吞咽，也容易崩解，在胃里面吸收也比较快。蜜丸大，需要嚼碎服用，药的气味比较大，不容易下咽，但作用缓和持久些。在制作过程中，按照中药的药性来做，在中药炮制中，有的药适合做水丸，有些药适合做蜜丸。
水丸一般都是具有活血，行气的作用，比较容易保存，里面含的蜂蜜比较少，对血糖偏高的人，还更适合服用。蜜丸多是具有收敛和滋补、补气的作用，适合脾胃不好的患者服用。