对于前列腺囊肿诊断鉴别主要是同前列腺内部其他病变，如前列腺结节、前列腺钙化、前列腺结石所鉴别，而对于前列腺钙化或者前列腺结石都属于质地较硬的占位，而前列腺囊肿主要内部是前列腺液，属于柔软的占位。
通过影像学检查来进行鉴别是最主要的鉴别手段，可以通过泌尿系彩超或者经直肠的前列腺b超以及ct来进行判断，通过b超或者ct可以判断前列腺部的占位是结节钙化还是囊肿，如果是前列腺囊肿在较小的情况下不需要进行治疗，而只有前列腺囊肿较大才需要在膀胱镜下进行切除。