尿道结石的治疗应根据尿道结石的大小，形态、部位以及有无并发症来决定。对于体积较小的，暂时不影响排尿的尿道结石，可以应用药物治疗，如肾石通等，因为尿道结石会引起尿道的刺激症状引起排尿异常，所以可用阿尔法受体阻滞剂来缓解排尿症状。
此外中药至今对于排石也有较好的疗效。如果结石的体积较大，或已经引起了尿路的梗阻症状，此时是不建议药物排石等，应及时的行尿道镜下碎石手术治疗，注意避免损伤尿道黏膜。
术后一般需要留置导尿管，来预防尿道狭窄情况发生。