做肠镜检查主要就是检查肠道内部的一些疾病，可以观察肠道内的黏膜组织是不是发生了充血、水肿、糜烂的情况。也就是可以了解有没有炎症性的肠病，比如溃疡性结直肠炎，或者是克罗恩病的情况。
另外，还可以观察肠道内有没有增生性的疾病，比如是否有肠息肉或者是肠道肿瘤。另外，肠镜的检查还可以了解是不是有结肠冗长等疾病存在。
做肠镜检查不仅可以检查出疾病，而且还具有一定的治疗作用，比如可以进行病理组织学的选取，进行病理组织学的诊断。另外一些小的息肉，可以在肠镜下进行完整切除治疗。
另外，肠镜在倒镜的状态下，还可以观察肛管直肠的位置，了解有没有内痔的情况，有没有肥大的肛乳头或者是肛乳头瘤等相关的疾病。