卵巢囊肿的治疗方案，要根据卵巢囊肿的性质来决定。卵巢囊肿可以分为生理性的卵巢囊肿和病理性的卵巢囊肿，生理性卵巢囊肿比较常见。
一般在月经的后半期排卵过后形成的黄体囊肿，这种囊肿往往在下次月经来潮之后，或者经过3个月时间的观察，在月经刚刚结束后，往往在做超声检查，囊肿就会自行消失，不需要给予治疗。
而病理性的卵巢囊肿有子宫内膜异位囊肿、卵巢的炎性囊肿等，如果是病理性的囊肿要进行定期的随访和观察，子宫内膜异位囊肿，要根据子宫内膜异位症的严重程度，以及囊肿的大小来进行判断，是否需要手术治疗。而炎性囊肿则需要给予抗炎治疗，经过规律的抗炎之后，炎性囊肿往往会消失。