对于外伤后脑脂肪栓塞，该疾病的诊断一般通过其病史、结合临床表现及辅助检查，一般即可确诊。因为该疾病可以引起相应神经功能的症状，所以在鉴别诊断方面最主要就是需要与脑梗塞进行相鉴别。
通常情况下，脑梗塞没有外伤病史，而且这类患者通常存在心脑血管高危疾病，比如颈部血管斑块、高血压、高血脂等危险因素，同时发病后血压通常会急剧升高，早期诊断可以通过低DWI检查予以确诊。如果在时间窗内进行溶栓，患者愈后会非常不错。而外伤性脑脂肪栓塞，该疾病有明确的外伤史，而且表现相对较为严重，愈后也相对较差。