隐孢子虫病的治疗包括三个方面：
一、是针对隐孢子虫的治疗，主要以抗感染的药物为主，临床上可以选用阿奇霉素、螺旋霉素等药物。
二、是对症治疗，患者发生隐孢子虫感染后可以出现腹痛、腹泻的症状，部分患者的症状比较明显，腹泻的次数比较多，以水样便为主，患者可以出现脱水或者是电解质紊乱，需要及时的给予补液和补充电解质的治疗，防止发生脱水和电解质紊乱，同时要注意纠正酸碱平衡失调。
第三，部分患者免疫力低下，可以导致慢性的腹泻，要同时给予抗免疫的药物治疗。