导致窦性心律不齐常见于如下几个方面的原因：
一、对于青少年出现的窦性心律不齐，其主要原因跟呼吸周期有关，这种由于呼吸周期引起的心律不齐，称为呼吸性的窦性心律不齐，属于生理性的并不属于疾病的范畴，这种窦性心律不齐在吸气时心率会增快，呼气时心率会减慢。如果屏住呼吸窦性心律不齐会消失，随着年龄的增长心律不齐逐渐会减轻。
二、少部分的窦性心律不齐和呼吸没有关系，有些窦性心律不齐和心室的收缩排血有关，还有一些窦性心律不齐和窦房结内游走性心律有关。